在教学上，充分利用清华附中的优势，打破地域限制，和北京市海淀区教育平台共享，把学校的教育科研平台和清华大学教育科学研究院联合起来，特别是通过教育信息化的平台，实现教学的课堂对接（三维演示），学生可通过网络，选择清华、北大、人大附中以及北京市其他名师的课堂参与学习。目前，国家课程之外的校本课程、社团课程已经按计划实施，学校充分发挥和尊重学生个性，力图以“三课一体”的课程体系促进学生全面发展与人格培养。

　　清华附中秦汉学校提倡智慧教学，以一种智慧的沟通方式和学生做朋友，并以一种全新的教学理念——翻转课堂，颠覆对传统课堂模式的“翻转”，提高学生的学习兴趣和自学能力。

　　清华附中秦汉学校还将招收创新实验班学生，以清华附中创新教育模式，致力培养优秀创新人才。创新实验班学生将采用清华大学、清华附中、清华附中秦汉学校三方培养模式，努力探索为清华大学等高校培养有特色、有创新精神的优秀人才的路子。

　　社团活动

　　高考改革是大势所趋，2015年北大自主招生对象被严格定位为具有学科特长和创新潜质的学生。北大的人才选拔是基于“培养以天下为己任，具有健康体魄与健全人格、独立思考与创新精神、实践能力与全球视野的卓越人才”的培养目标而开展的。清华大学今年也对自主招生的申请条件做了明确规定。三类考生可以报考，分别为学科竞赛类、研究创作类和突出才能类。