戈登在苏丹期间，一个名叫佐拜尔(Zobeir)的当地部落首领通过奴隶贸易聚集财富，组建了一支数万人的军队，有意挑战埃及政府的权威。佐拜尔本人被引诱到开罗软禁起来，而他的儿子苏莱曼(Suleiman)公开起事，围攻埃及军队在苏丹南部的据点。戈登不战而屈人之兵，只带了一个翻译骑着骆驼穿过85英里的沙漠，突然出现在苏莱曼面前，戈登的出现导致叛军阵营的分裂，一些部落首领当场投诚。戈登命令苏莱曼两天之内放下武器，解散部队，而苏莱曼完全被戈登的凛然正气所镇摄，俯首贴耳一一照办。1878年，戈登前往开罗解决埃及政府的财政危机，苏莱曼又起兵造反，很快兵败被杀。

　　1880年，戈登递交辞呈，怅然离开了辛苦经营了六年的苏丹。在他的继任拉乌夫(RaoufPasha)治下，苏丹的奴隶贸易恢复了过去的规模，而戈登改革政府的成果全部废弃。埃及政府为了创收，变本加厉地搜刮苏丹人民。苏丹上下群情激愤，整个国家已经成为一个火药桶。在尼罗河小岛上静修的一个苦行僧一直在默默关注着形势的发展，他这时看到时机成熟，於是率领信徒揭竿而起。

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