埃及此时是奥斯曼土耳其帝国的附庸，土耳其苏丹任命了亚美尼亚人赫迪夫为埃及总督。1820年，埃及在英国的支持下向南扩张，吞并了苏丹北部地区。从那以后，英国逐步扩大其对埃及的影响力，到十九世纪中后期埃及总督已经基本成为英国的傀儡。1869年，赫迪夫任用英国人贝克(SirSamuelBaker)率领一支埃及军队远征苏丹南部，于1870年占领尼罗河上游的重镇喀土穆(Khartum)，进而吞并苏丹全境。埃及占领苏丹导致的一个直接后果就是奴隶贸易的泛滥。大批奴隶贩子云集苏丹南部，和当地部落首领相勾结，将奴隶贩卖到开罗和君士坦丁堡。埃及总督赫迪夫受到英国政府极大压力，急需一位能人遏制猖狂的奴隶贸易，而戈登正是上佳人选。

　　戈登满怀热情踏上苏丹之旅。他在备忘录中写道："中非的荒漠和沼泽将被开发，接受文明的福音；猖獗的奴隶贸易将被扑灭；当地野蛮的居民将习惯自由、公正和繁荣。"戈登到达苏丹以后，发现苏丹政府一贫如洗，於是主动将自己一万英镑的年薪降到两千英镑，立刻赢得当地人民的景仰。戈登先出任苏丹赤道省总督，两年以后出任整个苏丹的总督。他在苏丹的六年间，骑着骆驼行程八千五百英里，足迹遍及苏丹全境。在打击奴隶贸易之外，戈登还致力于改革苏丹的政府机构，修筑道路和桥梁，以及建立象牙的政府专卖，以开财源。

　　戈登的热情很快被严酷的现实浇灭。苏丹的奴隶贸易已经深植当地社会经济的脉络之中，由埃及、土耳其等地巨大的市场需求驱动，戈登个人的努力显然是杯水车薪。六年间戈登率领几百人的队伍四处奔波，对奴隶贩子围追堵劫，解救数以万计的奴隶。但戈登很快发现被解救的奴隶根本无力谋生，赤贫的苏丹政府更是无力供养，於是他们很快又出现在各地的奴隶市场上。戈登抓获了一批奴隶贩子，把他们送到开罗，请埃及总督赫迪夫严加处置。没想到这些奴隶贩子不但立刻获得自由，还成为总督的座上宾。这也难怪，奴隶贩子们的进贡是埃及政府的主要财政收入，赫迪夫怎能不善待自己的财神呢。经过几年徒劳无功的努力，戈登对苏丹的状况有了更清楚的认识："当你能把浸透到纸里的墨迹弄出来的时候，你才能停止这块土地上的奴隶贸易。"戈登明知不可为依然勉力为之，他在备忘录里写道："我明白自己力量有限，因而乞求上帝；我将不问成败，一切交由上帝安排。"