世纪之交，吴淞中学在发扬“坚苦卓绝”校训精神的同时，确立了“健全人格，主动发展”的教育理念。20世纪90年代以来，学校有千余人次获国际、全国、省（市）级学科竞赛等第奖。研究型学习课程已获得30多项全国级和省市级的成果奖。2002年，在莫斯科“国际青少年科学研究者大会”上，吴淞中学提交的研究项目获得生命、环境科学组的一等奖，并获得大会参赛项目的特等奖。2004年5月14日，在美国波特兰市闭幕的第55届英特尔国际科学与工程大奖赛决赛中，吴淞中学3名同学提交的团体项目一举夺得7项大奖，成为本次赛事获奖最多的团体项目，同时也创下了我国国家队参加ISEF以来团体项目的最好成绩。此外，吴淞中学合唱团曾连续5届获得上海市重点中学合唱比赛一等奖，1次夺得全国合唱比赛高中组第一名；船模、建模等项目竞赛曾多次获得全国一等奖；学生舞蹈队曾出访法国、巴西。吴淞中学的教育教学水平，一直稳步排在全市学校前列。近年来，吴淞中学接待了日本、加拿大、英国、澳大利亚等国友人前来访问交流，并与澳大利亚棕榈树海滨区、可伦宾区中学签订建立友好学校协议。