晋元的办学理念是“学会选择、主动学习、卓越发展”，实行“套餐式”组合课程、“走班制”运作方式、“学分制”管理模式。

　　晋元推行研究性学习，2000年1月被上海市教委定为上海市向全国介绍研究性学习经验、培训上海市骨干教师的三所学校之一，成为承担教育部研究性学习课题的六所学校之一。数学、外语、物理、化学和信息技术五门基础学科实行选择走班，体育实施选项。学校共开设了可供学生选择的300多门拓展型课程，还开设了第二外语：法、德、俄、日语等，供学生选择。学生根据自己个人的基础、兴趣和能力，组合课程，每个学生都有一张具有个性特色的课程表。

　　晋元的育人模式受到了海内外教育同行的关注和称道，中央电视台新闻联播节目、中国教育报、解放日报、上海电视台等多家新闻媒体曾作专题报道。