杭州市萧山区第三高级中学旧址位于我国第一个农民运动协会所在地——衙前镇。1955年，由省教育厅原厅长刘亦夫同志亲自选校址，在风景秀丽的衙前凤凰山南麓建校，定名为“萧山县第三初级中学”。1956年8月建成启用。1959年增设两年制高中部，易校名为“萧山县第三中学”。1961年又改称为“萧山县衙前中学”。“文化大革命”期间，学校遭受狂澜波及，1969年学校被拆散，一分为四，改名为“衙前公社初中”，其中大部分教师与校产下放到衙前、坎山、光明等社校，直到1972年复校，更名为“萧山衙前中学”。1977年开始成为单一性的高中县（市）直属学校。1987年，萧山撤县设市，学校更名为“萧山市衙前中学”。1994年8月，更名为“浙江省萧山市第三高级中学”；2000年7月，创建凤凰高级中学（民办），成立民办学校董事会，至2004年7月停办。2001年，萧山撤市设区，学校随之更名为“杭州市萧山区第三高级中学”。2007年8月，学校整体搬迁到位于新塘街道新城路1478号的新校址。