Had done在虚拟语气中的运用(属于较特殊情况)：

(1)在虚拟条件句中的运用，此时的意思要根据语境而定，可以与虚拟语气一起来归纳。主要表示与过去事实相反的愿望，即与过去事实相反。

If I I had taken your advice, I would have got a good grade in the exam.

如果我听取了你的建议，我将会在考试中取得好的成绩。(had taken表明过去我没有采取建议)

(2)有expect，intend，suppose(假定)，hope,think等动词的过去完成时在句中出现时，表示未实现的打算，希望，愿望的意味。

I expect that I had been an intern in that company.

我希望我已经是那个公司的一名实习生。(同样地，我并不是这个公司的实习生)

(3)在If only(但愿，要是) or wish出现的虚拟语气中，同样也表示与过去事实相反的愿望，想法。

Honestly,if only I had studied in university.

说真的，要是我在大学学习多好!(事实上我没有，与现实相反)

I wish I had been awarded the prize in the sports meeting.

我希望我在运动会上被授予了奖励。(事实上获奖不存在)