2009年9月4日，温家宝总理来到北京三十五中进行为期一天的调研。温总理在讲话中提出了中国教育的两个深层次问题：一是借“钱学森之问”，重提“为什么现在我们的学校总是培养不出杰出人才?”二是“我们一直在强调素质教育，但是为什么成效还不够明显?”温总理指出：“要培养全面发展的优秀人才，必须树立先进的教育理念，冲破传统观念和体制的束缚，在办学体制、教学内容、教育方法、评价方式等多方面进行大胆探索和改革。”

　　为了落实温总理的讲话精神，求解“钱学森之问”，2010年5月11日，三十五中和中国科学院(京区)科学技术协会签订了“中国科学院科技创新人才培养方案”框架协议。该项目是以国家自然科学基金委员会“中国科学院科技人才早期培养”项目为依托，启动“科技创新人才培养班”项目。项目班的培养目标是“五有人才”：即具有中华民族的文化底蕴和中国情怀;具有国际视野;具有正义感和责任心;具有适应社会的能力;具有科学精神和探究意识的高素质创新型人才。项目班的学生毕业时将取得五个证书：高中毕业证书、志愿者经历证书、才艺证书、诚信证书、中科院颁发的科技创新人才培养结业证书。

　　三十五中依托中科院强大的人力、智力、硬件和信息资源，为“科技创新实验班”专门设计了一套课程实施方案，包括基础科学、生命科学、资源环境科学和高技术科学四大研究领域172个课程单元。走进中科院研究院所，开展中科院周末实验室课程、寒暑假野外科考基地考察、学校实验室课程，借助中科院的“软实力”，由中科院专家直接授课，与科学家零距离接触，开展科学考察和研究，学习科学方法，培养创新思维，培育科学精神和中国情怀。

　　同时，学校重视对实验班学生人文素养和艺术修养的培养，并将其纳入整个课程体系，把国家课程、中科院课程和校本课程进行科学合理整合。实验班的课程体系包括四大模块，即国家基础必修课、选修课、综合实践活动、社团活动。